主角星野鐵郎受母親的影響,希望搭上銀河鐵道999,到達可以獲得免費改造成機械身體權利的安達羅星雲,母親卻被機械伯爵所殺,後來遇上謎樣的女子,給他的車票,於是搭上列車,展開旅程,途中經過宇宙中各種不同的星星,發生各種事情。